Glavna konfiguracija EDI modula obično se vrti oko tri područja: komunikacijska interoperabilnost, obrada podataka i poslovna suradnja. To osigurava stabilnu i točnu razmjenu poslovnih podataka između različitih poslovnih sustava. U praksi se ove konfiguracije općenito dovršavaju unutar integracijske platforme ili međuprograma i prilagođavaju prema zahtjevima različitih partnera.
Konfiguracija komunikacijskog sloja usredotočena je na postavljanje metode interoperabilnosti i sigurnosnih parametara, kao što je korištenje prijenosnih protokola poput AS2, SFTP ili VAN mreža. Također zahtijeva konfiguriranje identifikacijskih informacija (ID partnera), certifikata, metoda šifriranja i pravila potpisa obiju strana koje komuniciraju kako bi se osigurala sigurnost i integritet podataka tijekom prijenosa. Nadalje, postavke reda poruka, mehanizmi ponovnog pokušaja i pravila vremenskog ograničenja također spadaju u ovaj odjeljak, koji se koristi za poboljšanje pouzdanosti prijenosa.
Konfiguracija podataka i poslovanja uglavnom uključuje definicije vrste poruka, pravila mapiranja polja i pravila pretvorbe formata. Strukture podataka često se razlikuju među poduzećima, pa su potrebne konfiguracije mapiranja za mapiranje internih polja sustava u standardna EDI polja. Također se konfiguriraju pravila pokretanja poslovanja, kao što su generiranje narudžbi, povratne informacije o pošiljci ili ciklusi usklađivanja, omogućujući da se EDI razmjena podataka ugradi u određene poslovne procese.