Strukturno, učinak brtvljenja MBR membrane prvenstveno ovisi o kraju inkapsulacije membranskog vlakna, spoju kućišta membrane i sučelju cjevovoda permeata. Uobičajene membrane od šupljih vlakana koriste epoksidnu smolu ili smjesu za učvršćivanje membranskih vlakana u sabirnoj cijevi, osiguravajući da sirova voda ne zaobiđe membranu filtera i izravno uđe u kraj permeata. Loše brtvljenje može dovesti do fenomena "kratkog-protoka", dopuštajući nefiltriranoj otpadnoj vodi da uđe u sustav otpadnih voda, izravno utječući na kvalitetu otpadnih voda.
Učinak brtvljenja također je usko povezan s uvjetima usisavanja podtlaka sustava. Membranski bioreaktori obično rade pod blagim negativnim tlakom. Ako je brtvena struktura nestabilna, zrak može lako ući ili može doći do lokalnih propuštanja, remeteći raspodjelu tlaka na površini membrane i dovodeći do smanjenog protoka ili povećanog onečišćenja membrane. Stoga je dobra izvedba brtvljenja ključna za održavanje stabilne transmembranske razlike tlaka (TMP).
Učinak brtvljenja također se odražava na dugoročnu-trajnost, uključujući otpornost na starenje, kemijsku koroziju i promjene temperature. Duljim radom brtveni materijal može otvrdnuti ili razviti mikropukotine, stoga je potrebna redovita kontrola i održavanje kako bi se osigurala njegova pouzdanost. Općenito, brtvljenje MBR membrana izravno je povezano sa sigurnošću efluenta sustava i stabilnošću njegovog rada te je jedan od važnih pokazatelja za ocjenu kvalitete membranskih modula.